Simplemente la mejor guía
para análisis en sistemática molecular,
genética de poblaciones y bioinformática
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genética de poblaciones y bioinformática
Aquí encontrarás información veraz de los métodos de inferencia filogenética actuales, así como con los archivos asociados a las prácticas del manual impreso, explicados de una manera sencilla e ilustrativa.
Las prácticas han sido preparadas por especialistas e investigadores en los temas de interés usando software y metodología de punta.
Aquí encontrarás información veraz de los métodos de inferencia filogenética actuales, así como con los archivos asociados a las prácticas del manual impreso, explicados de una manera sencilla e ilustrativa.
Las prácticas han sido preparadas por especialistas e investigadores en los temas de interés usando software y metodología de punta.
Índice
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Capítulo 1 - Recuperación de información de bases de datos públicas
Práctica 1. Conceptos básicos
Práctica 2. Identificación de conceptos básicos en un alineamiento de secuencias
Práctica 3. Búsqueda y descarga de secuencias de GenBank usando el sistema ENTREZ del NCBI
Práctica 4. Análisis y procesamiento de secuencias en formato FASTA mediante filtros de UNIX/Linux
Práctica 5. Búsqueda de secuencias de nucleótidos en el banco de genes y alineamiento con CLUSTAL W
Práctica 6. Manejo de la herramienta BLAST para el reconocimiento y corroboración de secuencias
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Capítulo 2 - Manipulación de secuencias y generación de datos básicos
Práctica 7. Tipos de archivos usados en análisis bioinformáticos
Práctica 8. Mapeo de lecturas y ensamblaje con lecturas cortas de Illumina usando un genoma de referencia
Práctica 9. Ensamble de secuencias con el programa Staden
Práctica 10. Uso de MESQUITE para generar matrices multigenes
Práctica 11. Estadísticos genéticos de resumen para analizar secuencias nucleotídicas de DNA
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Capítulo 3 - Introducción a la homología molecular y el alineamiento de secuencias
Práctica 12. Homología posicional y transformacional
Práctica 13. Identificación de sitios homólogos, obtención de matrices de distancias pareadas de forma manual y con el programa MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)
Práctica 14. Alineamiento manual de secuencias de DNA bajo el enfoque de homología
Práctica 15. Comparación entre un método de alineamiento automático y otro manual
Práctica 16. Alineamiento manual de secuencias de nucleótidos (DNA)
Práctica 17. Evaluación de los valores de penalización en el alineamiento a través de filogenias obtenidas con máxima verosimilitud
Práctica 18. Diferentes programas utilizados para realizar alineamientos
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Capítulo 4 - Reconocimiento y delimitación de especies crípticas
Práctica 19. Uso de caracteres moleculares para el descubrimiento de diversidad críptica
Práctica 20. Análisis de secuencias de DNA mitocondrial (CO-I) para la delimitación preliminar de taxones
Práctica 21. Limite de especies en un complejo críptico de mariposas mexicanas
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Capítulo 5 - Identificación y delimitación de especies desde la perspectiva del Código de Barras de DNA
Práctica 22. Construcción de fenogramas mediante el método de unión de vecinos (Neighbor-Joining)
Práctica 23. Identificación de especies a través del análisis de secuencias de DNA mitocondrial (mtDNA)
Práctica 24. Identificación de especies por medio del código de barras de la vida
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Capítulo 6 - Modelos de sustitución de nucleótidos* (y otros modelos)
Práctica 25. Heterogeneidad del patrón de sustitución: elección entre estrategias de partición mediante Modelos Mixtos y análisis de Modelos Mezclados usando Salto Reversible
Práctica 26. Selección de modelos en sistemática molecular
Práctica 27. Comparación entre criterios de información frecuentistas y bayesianos para la elección de modelos de evolución molecular utilizando jModelTest
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Capítulo 7 - Métodos de inferencia filogenética: Máxima Verosimilitud
Práctica 28. Fundamentos de máxima verosimilitud
Práctica 29. Análisis filogenético de secuencias moleculares con máxima verosimilitud utilizando un portal bioinformático: Phylogeny.fr.
Práctica 30. Análisis de secuencias de DNA empleando máxima verosimilitud en RaxMLGUI
Práctica 31. Generación de hipótesis filogenéticas empleando Inferencia Bayesiana
Práctica 32. Análisis de Inferencia bayesiana con secuencias de DNA empleando el programa BEAST2
Práctica 33. Inferencia bayesiana utilizando secuencias de DNA
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Capítulo 8 - Calibración temporal con Relojes Moleculares
Práctica 34. Análisis de reloj molecular mediante inferencia Bayesiana en BEAST utilizando edades de fósiles como puntos de calibración y dataciones secundarias
Práctica 35. Estimación de tiempos de divergencia BEAST
Práctica 36. Determinación del tiempo de divergencia entre dos familias de moscas utilizando el reloj molecular
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Capítulo 9 - Biogeografía molecular
Práctica 37. Panbiogeografía molecular
Práctica 38. Estructura filogeográfica entre poblaciones de dos especies endémicas de lagartijas mexicanas
Práctica 39. Construcción manual de una matriz Q para su uso en biogeografía probabilística
Práctica 40. Reconstrucción de hipótesis biogeográficas utilizando modelos probabilísticos en Lagrange (I): un ejemplo con angiospermas (Psychotria spp.)
Práctica 41. Reconstrucción de hipótesis biogeográficas utilizando modelos probabilísticos en Lagrange (II): un ejemplo con avispas parasitoides (Braconidae)
Práctica 42. Hipótesis de demografía histórica y modelos de distribución de especies
Práctica 43. Identificación de barreras y poblaciones mediante el algoritmo de Monmonier
Práctica 44. Uso de caracteres moleculares para la reconstrucción de áreas ancestrales
Práctica 45. Datación de nodos utilizando el programa BEAST2
Práctica 46. Asociaciones históricas entre simbiontes, un caso entre Parásito-Hospedero
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Capítulo 10 - Filogeografía
Práctica 47. Métodos de estimación de tamaños poblacionales históricos basados en secuencias de DNA I: análisis de Mismatch
Práctica 48. Métodos de estimación de tamaños poblacionales históricos basados en secuencias de DNA II: Skyline plots
Práctica 49. Construcción de redes de haplotipos de solución óptima I: redes mínimas de haplotipos con secuencias de DNA
Práctica 50. Construcción de redes de haplotipos de solución óptima II: redes mínimas con Splistree
Práctica 51. Métodos de agrupación (clustering) con datos moleculares I: Structure
Práctica 52. Métodos de agrupación y clustering con datos moleculares II: Geneland
Coordinadores
Dra. Rosario Mata López
Profesora Titular A de TC, adscrita al Departamento de Biología Evolutiva de la Facultad de Ciencias, UNAM. Ha impartido 46 cursos a nivel licenciatura y posgrado, principalmente en Sistemática. Ha publicado artículos científicos en revistas científicas nacionales y extranjeras y ha participado en comités editoriales y como revisora en revistas internacionales. Es especialista en Sistemática y evolución de helmintos parásitos de vertebrados silvestres. Organizadora en los 1° y 2° Simposia de Sistemática Molecular y Bioinformática dentro de la Facultad de Ciencias, UNAM.
Dra. América Nitxin Castañeda Sortibrán
Licenciatura y doctorado por la Universidad Nacional Autónoma de México. Profesora de Carrera en la Facultad de Ciencias. Es autora/compiladora de 7 libros de docencia a nivel licenciatura en las áreas de Genética, Sistemática y Biogeografía, 2 libros en modalidad e-pub, uno de ellos de Genética y otro de Evolución. Organizadora en los 1° y 2° Simposia de Sistemática Molecular y Bioinformática dentro de la Facultad de Ciencias, UNAM.
Dr. Erick Alejandro García Trejo
Técnico Académico Titular B y profesor de Asignatura “A” adscrito al Departamento de Biología Evolutiva de la Facultad de Ciencias, UNAM. Coordinador de la Unidad de Informática para la Biodiversidad de la Facultad de Ciencias UNAM (UniCiencias). Línea de investigación en el área de Informática para la biodiversidad, en particular en el uso de bases de datos biológicas y su uso en sistemática, biogeografía, y conservación de la Biodiversidad de México. Autor o coautor en diversos artículos de investigación científica en revistas nacionales e internacionales y capítulos de libros. 40 cursos a nivel licenciatura y posgrado y he participado en comités editoriales de revistas científicas indizadas. Organizador en los 1° y 2° Simposia de Sistemática Molecular y Bioinformática dentro de la Facultad de Ciencias, UNAM.
Dra. Magali Honey Escandón
Dra. en Ciencias por parte de la UNAM, enfoca sus estudios en la filogenia de pepinos de mar y sus componentes químicos. Imparte las materias de Sistemática I, Biogeografía I y Deuterostomados de la carrera de Biología de la Facultad de Ciencias, UNAM desde hace 10 años. Organizadora en los 1° y 2° Simposia de Sistemática Molecular y Bioinformática dentro de la Facultad de Ciencias, UNAM.
M. en C. María Berenit Mendoza Garfias
Técnico Académico Titular B y profesor de Asignatura “A” adscrito al Departamento de Biología Evolutiva de la Facultad de Ciencias, UNAM. Coordinador de la Unidad de Informática para la Biodiversidad de la Facultad de Ciencias UNAM (UniCiencias). Línea de investigación en el área de Informática para la biodiversidad, en particular en el uso de bases de datos biológicas y su uso en sistemática, biogeografía, y conservación de la Biodiversidad de México. Autor o coautor en diversos artículos de investigación científica en revistas nacionales e internacionales y capítulos de libros. 40 cursos a nivel licenciatura y posgrado y he participado en comités editoriales de revistas científicas indizadas. Organizador en los 1° y 2° Simposia de Sistemática Molecular y Bioinformática dentro de la Facultad de Ciencias, UNAM.
Biól. Iliana Paola Cervantes Aguilar
Egresada de la Facultad de Estudios Superiores Iztacala de la Universidad Nacional Autónoma de México en la licenciatura de Biología con Mención Honorífica. Realizó su tesis de licenciatura en taxonomía de equinodermos, en específico con pepinos de mar del Golfo de México y Caribe Mexicano y ha brindado apoyo en la identificación de organismos y visitas guiadas dentro de la Colección Nacional de Equinodermos “Dra. María Elena Caso Muñoz” del ICMyL. Fue Becaria PRONABES UNAM durante el ciclo 2011-2014 y Becaria DGAPA PAPIME PE203614 durante el ciclo 2014-2015. Apoyo logístico en los 1° y 2° Simposia de Sistemática Molecular y Bioinformática dentro de la Facultad de Ciencias, UNAM.