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Práctica 25

Heterogeneidad del patrón de sustitución: elección entre estrategias de partición mediante Modelos Mixtos y análisis de Modelos Mezclados usando Salto Reversible

Archivos contenidos:

  • BayesPhylogenies.exe
    • Ejecutable para el análisis en el programa MrBayes.
  • matriz_practica.nex
    • Matriz multilocus de secuencias de lagartijas del grupo de estudio Plestiodon brevirostris.
  • matriz_practica.nex.Parameters
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • matriz_practica.nex.trees
    • Archivo de árboles filogenéticos con notación parentética en formato de texto.

Archivos contenidos:

  • BayesPhylogenies.exe
    • Ejecutable para el análisis en el programa MrBayes.
  • matriz_practica.nex
    • Matriz multilocus de secuencias de lagartijas del grupo de estudio Plestiodon brevirostris en formato Nexus simplificado.

Archivos contenidos:

  • MrEP1
    • hmsbeagle64.lib
      • Ejecutable en formato texto para el análisis en el programa MrBayes.
    • MrEP1.txt
      • Matriz alineada de datos moleculares con los ejecutables para un análisis en MrBayes.
    • MrEP1.txt.ckp
      • Ejecutable en formato texto para el análisis en el programa MrBayes.
    • MrEP1.txt.mcmc
      • Ejecutable en formato texto para el análisis en el programa MrBayes. Cadenas de Montecarlo.
    • MrEP1.txt.run1.p
      • Ejecutable en formato texto para el análisis en el programa MrBayes. Corridas.
    • MrEP1.txt.run1.t
      • Ejecutable en formato texto para el análisis en el programa MrBayes. Topologías.
    • MrEP1.txt.run2.p
      • Ejecutable en formato texto para el análisis en el programa MrBayes. Corridas.
    • MrEP1.txt.run2.t
      • Ejecutable en formato texto para el análisis en el programa MrBayes. Topologías.
  • MrEP2
    • hmsbeagle64.lib
      • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
    • MrEP2.txt
      • Matriz alineada de datos moleculares con los ejecutables para un análisis en MrBayes.
  • MrEP4
    • hmsbeagle64.lib
      • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
    • MrEP4.txt
      • Matriz alineada de datos moleculares con los ejecutables para un análisis en MrBayes.
  • MrEP8
    • hmsbeagle64.lib
      • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
    • MrEP8.txt
      • Matriz alineada de datos moleculares con los ejecutables para un análisis en MrBayes.

Archivos contenidos:

  • hmsbeagle-cpu-openmp64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cpu-sse64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cpu64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cuda64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle64.lib
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • MrEP1.nex
    • Matriz alineada de datos moleculares con los ejecutables para un análisis en MrBayes.

Archivos contenidos:

  • hmsbeagle-cpu-openmp64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cpu-sse64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cpu64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cuda64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle64.lib
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • MrEP2.nex
    • Matriz alineada de datos moleculares con los ejecutables para un análisis en MrBayes.

Archivos contenidos:

  • hmsbeagle-cpu-openmp64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cpu-sse64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cpu64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cuda64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle64.lib
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • MrEP4.nex
    • Matriz alineada de datos moleculares con los ejecutables para un análisis en MrBayes.

Archivos contenidos:

  • hmsbeagle-cpu-openmp64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cpu-sse64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cpu64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle-cuda64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle64.dll
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • hmsbeagle64.lib
    • Instrucciones para realizar el análisis en MrBayes.
  • MrEP8.nex
    • Matriz alineada de datos moleculares con los ejecutables para un análisis en MrBayes.

Sistemática Molecular y Bioinformática: Guía práctica
Departamento de Biología Evolutiva
Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México